酸菜鱼始于重庆江津的江村渔船。据传，渔夫将捕获的大鱼卖钱，往往将卖剩的小鱼与江边的农家换酸菜吃，渔夫将酸菜和鲜鱼一锅煮汤，这汤的味道鲜美，于是一些小店便将其移植，供应南往北来的食客。酸菜鱼流行于90年代初，在大大小小的餐馆都有其一席之地，重庆的厨师们又把它推向祖国南北，酸菜鱼是重庆菜的开始先锋之一。

关于酸菜鱼的历史来源众说纷纭，至今也无法考证，后经传承，制作方法也各有不同，但口味基本一致。