日本纳豆起源于我国秦汉时期 在唐朝鉴真东渡时期传入日本，后在日本得到发展，盛行至今有一千多年的历史。

在日本，现在提到纳豆一般是指拉丝纳豆（糸引き納豆），拉丝纳豆通常是大豆经纳豆菌（枯草芽孢杆菌的亚种）发酵制成的。日本关于拉丝纳豆的最早书面记载出自室町时代文明年间（1469-1487）之前完成的《精进鱼类物语》。