荠菜的药用价值很高，荠菜性味甘平，具有和脾、利水、止血、明目的功效。用于治疗痢疾、水肿、淋病、乳糜尿、吐血、便血、血崩、月经过多、目赤肿疼等。所含的二硫酚硫酮，具有抗癌作用。
荠菜含有大量的粗纤维，食用后可增强大肠蠕动，促进排泄，从而增进新陈代谢，有助于防治高血压、冠心病、肥胖症、糖尿病、肠癌及痔疮等。
荠菜虽好，便清泄泻及阴虚火旺者不宜食用。此外，患有目疾、疮疡、热感冒等病症者或体弱者也不宜食用，便溏者慎食。